Το χωριό αυτό έχει χτιστεί έτσι ώστε να μην είναι ορατό από τη θάλασσα για να προστατεύονται από τις επιδρομές των πειρατών. Το Μικρό Χωριό είναι χτισμένο ακριβώς με τον ίδιο τρόπο και για τον ίδιο λόγο και έχει 20 κατοίκους. Ο τρίτος και πιο καινούργιος οικισμός του νησιού είναι ο Άγιος Γεώργιος με 20 κατοίκους και είναι το λιμάνι του νησιού. Το σημαντικότερο αξιοθέατο που μπορείτε να δείτε στο νησί είναι οι Θόλοι. Πρόκειται για βυζαντινά κτίσματα που χρησίμευαν ως αποθηκευτικοί χώροι τροφίμων. Το Αγαθονήσι είναι ένα ιδανικό μέρος για αυτούς που επιθυμούν ήρεμες διακοπές μακριά από τη φασαρία των μεγάλων τουριστικών θέρετρων.