Το 554 μ.Χ. έγινε ένας απο τους φοβερότερους σεισμούς, που οι δονήσεις του κράτησαν 14 ημέρες και για τον οποίο γράφει ο ιστοριογράφος Αγαθίας που βρέθηκε τότε στην Κώ. Οι τρομερές δονήσεις και εκρήξεις επέφεραν καθίζηση του εδάφους και η θάλασσα εισόρμησε και κατέκλυσε τα παράλια, επιστρέφοντας δε πίσω ορμήτικη, παρέσυρε και αφάνισε ανθρώπους, οικοδομές κι ο,τι άλλο βρήκε. Το 1306 μ.Χ. η Κάλυμνος καταλαμβάνεται απο τους Ιππότες του Τάγματος του Αγίου Ιωάννου της Ιερουσαλήμ.Το Τάγμα είχε έδρα τη Ρόδο, που κατόρθωσε να την καταλάβει μετά απο τρίχρονη αντίσταση των Ροδίων.
