Στα βορειοανατολικά του παραθαλάσσιου οικισμού Εμπορειός είναι κτισμένο ένα οχυρό της Ελληνιστικής Εποχής, το Καστρί με ισχυρό τείχος, δυο πύργους άμυνας και μια πύλη. Μέσα στο Καστρί λειτουργούσε ελαιοτριβείο και αυτό φαίνεται από τα ερείπια αρχαίων ελαιοτριβείων που υπάρχουν στα δυτικά. Το Καστρί είχε κτιστεί για να καταφεύγουν εκεί οι κάτοικοι σε ώρες ανάγκης. Η θέση η οποία είναι κτισμένο προσφέρει την εποπτεία της γύρω περιοχής αλλά και του θαλάσσιου χώρου.

Το ιερό του Δηλίου Απόλλωνα είναι ένας από τους σπουδαιότερους χώρους της Καλύμνου το οποίο άκμασε από τους γεωμετρικούς έως και τους ρωμαϊκούς χρόνους. Περιλάμβανε ναούς, θέατρο, γυμνάσιο, βουλευτήριο, αγάλματα, ειδώλια και επιγραφές. Το ιερό καταστράφηκε από τους Χριστιανούς την Παλαιοχριστιανική Εποχή και ανεγερθήκαν δυο εκκλησιές ο Χριστός της Ιερουσαλήμ και η Αγία Σοφία. Ο επισκέπτης σήμερα μπορεί να δει μονό της δυο εκκλησίες.

Κατά την Παλαιοχριστιανική Εποχή (4ος – αρχές 7ου μ.Χ. αιώνα ) ο Βαθύς γνώρισε την μεγαλύτερη ακμή του. Απλώνεται ως ο μεγαλύτερος οικισμός γύρω από το λιμάνι της Ρίνας, στο νότιο τμήμα της, στη θέση Ελληνικά. Εκκλησιές, οικίες και καμαροσκεπής τάφοι διατηρούνται σε εντυπωσιακή κατάσταση, σε ορισμένες περιπτώσεις μέχρι το ύψος της στέγης. Στον Βαθύ υπάρχουν και τα ερείπια από δεκατρείς συνολικά παλαιοχριστιανικές εκκλησιές.

Το Κάστρο της Χώρας βρίσκεται στα βορειοανατολικά του οικισμού Χώρα και κτίστηκε  τον 11ο μ.Χ. αιώνα και επισκευάστηκε από τους Ιωαννίτες Ιππότες στα τέλη του 15ου αιώνα. Έως τις αρχές του 18ου αιώνα το Κάστρο της Χώρας αποτελούσε οικιστικό κέντρο της Καλύμνου. Μέσα στο Κάστρο της Χώρας σώζονται δέκα εκκλησιές που στο εσωτερικό τους διατηρούνται τοιχογραφίες του τέλους του 15ου – αρχές 16ου αιώνα.